Onder lichaamseigen stoffen worden stoffen verstaan die je lichaam zelf maakt. Zoals organen, hormonen, bloed en bloedcellen, antilichamen, lichaamsvloeistoffen als urine, tranen, hyaluronzuur, enzovoort en dus als 'eigen' beschouwd kunnen worden. Kortom: alles wat je lichaam (h)erkent.
Elke stof die in het lichaam binnenkomt, dus ook voedsel of een wespensteek, enz. altijd gescreend, opgespoord en 'bekeken' door het immuunsysteem. Als de stof als lichaamseigen wordt beschouwd, dan zal deze met rust gelaten worden. Als hij echter als lichaamsvreemd wordt gezien dan volgen er reacties van het immuunsysteem. Ten eerste probeert het immuunsysteem te verhinderen dat de stof het lichaam binnendringt. Wanneer dit niet lukt, probeert het lichaam de stof zo snel mogelijk uit te scheiden, bijvoorbeeld door te niezen of diarree en braak(neigingen)/overgeven. Het immuunsysteem probeert de stof te vernietigen. Als dit ook niet lukt wordt de binnendringer op non-actief gesteld, door het bijvoorbeeld in te kapselen.